Ēģiptes vēsturiskais periods sākās trešās un ceturtās tūkstošgades mijā pirms Kristus dzimšanas. Senās kultūras tradīcijas, piedzīvojot iebrucēju ietekmi un iekšējos satricinājumus, ilga līdz kristietības pieņemšanai mūsu ēras ceturtajā gadsimtā. Gandrīz trīsarpus tūkstošus gadu Ēģiptes dievu saraksts un funkcijas ir piedzīvojušas būtiskas izmaiņas. Ēģiptes dievi ieguva iezīmes un vārdus, kas raksturīgi saviem kaimiņiem - asīriešiem, hetitiem, hiksiem, hellēņiem.
Pēc Ēģiptes apvienošanās viena valdnieka vadībā daudzi atsevišķu valsts reģionu un cilšu dievi iekļuva kopējā panteonā, taču lielākā daļa no viņiem tika cienīti tikai tajā vidē, kur radās viņu kults. Daži dievi pamazām ieguva kopīgu ēģiptiešu nozīmi. Dieviete Basteta, kurai ir kaķa galva, bez šaubām, izauga no kaķu godināšanas kulta kā peļu graudu rezervju sargātājas. Ēģiptē lauksaimniecībai bija milzīga lomalomu, atšķirībā no, piemēram, Hellas, kas pieauga galvenokārt tirdzniecības un militāro iekarojumu dēļ. Antropomorfie ēģiptiešu dievi bieži bija apveltīti ar dzīvnieka galvu, uz kura godināšanas pamata radās tas vai cits kults. Piemēram, dievam Totam bija ibisa galva, dievietei Sokhmetam (Sekhmetam) bija lauvas galva, Anubim bija suņa galva.
Pieaugot noteiktiem valsts apgabaliem, mainoties dinastijām vai galvaspilsētas "pārvietošanai" uz jaunu vietu, mainījās arī "pirmā ešelona" ēģiptiešu dievi. Interesanta senās ēģiptiešu reliģijas iezīme bija daudzu kosmogonisko mītu (tas ir, versiju par pasaules izcelsmi) klātbūtne, un katrā vietā vietējai dievībai bija galvenā loma šajā sarežģītajā jautājumā.
Ēģiptes dievi tik lielā skaitā, kas kļuva par pamatu vietējam separātismam, bez šaubām, nebija vajadzīgi nevienai valstij. Turklāt daudzi kulti prasīja lielu materiālo resursu tērēšanu, ko ar daudz lielāku labumu varēja tērēt valsts iekšējai sakārtošanai, armijas uzturēšanai utt. Un, kam bija liela bagātība un ietekme, priesteru klani tieši apdraudēja faraona vienīgo varu.
Ņemot vērā visas lietas, faraons Amenhoteps IV, ņemot Ehnatona vārdu, ievieš nelielas reģionālās dievības Atona (dievotā saules diska) kultu kā kopīgu ēģiptiešu reliģiju. Taču tradīciju inerce bija pārāk spēcīga, un Ehnatons nomirst, nesasniedzis četrdesmit gadu vecumu. Saskaņā ar pārliecinošāko versiju, viņš bijasaindēts. Tiesa, vajāšanas neskāra ģimeni, un viņa sieva (slavenā Nefertiti) palika dzīva daudzus gadus pēc vīra nāves.
Pēc persiešu un vēlāk hellēņu pārņemšanas valstī ēģiptiešu dievi un dievietes pamazām sāk zaudēt savu agrāko ietekmi, nonāk panīkumā. Viņi saplūst ar iebrucēju dieviem. Piemēram, Aleksandrs Lielais tika cienīts Ēģiptē kā Zeva-Amona dēls, sinkrētiska ēģiptiešu-hellēnisma dievība.
Kad ēģiptiešu dievi, kuru vārdiem bija gan vietēja, gan jaukta izcelsme, sāka piekāpties jaunai reliģijai - kristietībai, pamazām sākās seno ēģiptiešu rakstības aizmirstība. Imperatora Konstantīna valdīšanas laikā nomira pēdējais ēģiptiešu reliģiskās tradīcijas nesējs, pēc kura daudzus gadsimtus seno ēģiptiešu dievu vārdi bija zināmi tikai no grieķu un romiešu vēsturnieku rakstiem. Taču abi ar ēģiptiešu kultūru iepazinās laikā, kad tā jau bija mazinājusies, un maz ticams, ka priesteri svešiniekus (bieži vien agresīvus) iesvētīja savas reliģijas noslēpumos.
Gan arābu zinātnieki, gan eiropieši vairākkārt mēģināja atšifrēt senos hieroglifus, taču bez rezultātiem. Un tikai deviņpadsmitā gadsimta sākumā izcilajam valodniekam Fransuā Šampoljonam izdevās atrast atslēgu ēģiptiešu tekstu atšifrēšanai. No šī brīža sākās mūsdienu ēra Senās Ēģiptes vēstures un kultūras pētīšanai.